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相同的DNA模板只能保证合成蛋白质的氨基酸序列是相同的，即一级结构相同，不能保证蛋白质的空间结构相同。
蛋白质的特异性不仅与其氨基酸序列有关，更与其空间结构，即二、三、四级结构有关。空间结构不同，蛋白质必然不同。
另外，有可能发生了基因突变或转录、翻译错误等意外情况，也会导致蛋白质不同。
还有一个更重要的原因，是基因的选择性表达。DNA常常外显子和内含子并存 ，外显子表达而内含子不表达。