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第一种方法是测量260/280的比例，判断是否有蛋白质的污染。在260nm和280nm处测定DNA溶液的光吸收，A260与A280之比应在1.75-1.80之间。低于此值表明制备物中残留蛋白质成分较高或含有酚，高于此值表明有RNA的残留。
第二种方法是凝胶电泳分析，看有无断裂降解。
影响DNA提取质量的因素：
如果实验开始植物样品不经液氮处理，则提取液中的CTAB浓度需要提高到4%。
在大多数情况下，使用0.1%巯基乙醇，并不能完全抑制叶片中的氧化作用。但这种氧化作用不会影响限制性内切酶的活性。如果使用的巯基乙醇浓度高于0.1%，则会大大降低DNA提取的得率。