限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RF LP )简称PCR-RFLP 分析。

它主要是设计适当的扩增引物，使扩增片段包括一个或数个多态性的限制性内切酶识别序列，在PCR 扩增后用该限制酶切割PCR 产物，根据电泳后酶切(Amp-FLP) 对VNTR.STR 等重复序列，因重复单位数目的不同而呈现高度多态。

因此利用重复序列两侧的特异性引物进行PCR 扩增，所得扩增片段具有高度多态性，这些不同长度的等位片段可用PAGE 分离。 

应用程序

基因组中 RFLP 变异的分析以前是基因组作图和遗传疾病分析的重要工具。如果研究人员最初试图确定特定疾病基因的染色体位置，他们将分析受该疾病影响的家庭成员的 DNA，并寻找与该疾病具有相似遗传模式的 RFLP 等位基因（参见遗传连锁）。

一旦定位了疾病基因，对其他家庭的 RFLP 分析就可以揭示谁有患病风险，或者谁可能是突变基因的携带者。RFLP 测试用于通过分析基因组中的独特模式来识别和区分生物。它还用于鉴定限制性位点之间基因座中的重组率。

RFLP 分析也是早期遗传指纹识别方法的基础，可用于鉴定从犯罪现场提取的样本、确定亲子关系以及表征动物种群的遗传多样性或繁殖模式。