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HLA-C属于HLA I类重链相似度。这一类分子是由重链和轻链（β-2微球蛋白）组成的异二聚体。重链锚定在膜上。I类分子通过呈现内质网腔中的肽在免疫系统中起着中心作用。几乎在所有细胞中都有表达。重链约45kDa，其基因包含8个外显子。外显子1编码先导肽，外显子2和3编码α1和α2结构域，两者结合肽，外显子4编码α3结构域，外显子5编码跨膜区，外显子6和7编码胞质尾。外显子2和外显子3内的多态性负责每一类1分子的肽结合特异性。这些多态性的分型通常用于骨髓和肾移植。已经描述了100多个HLA-C等位基因。